เลกาซีดำเนินเรื่องในช่วงเวลาประมาณหนึ่งร้อยปีหลังสิ้นสุดสงครามยูซาน วอง นิกายเจไดได้มอบหมายให้ชาววองชนชั้นเชเปอร์ดำเนินการแปรสภาพส่วนหนึ่งของดาวเคราะห์ออสซัสเพื่อเปลี่ยนพื้นที่รกร้างให้เหมาะสมกับการอยู่อาศัย และเปิดโอกาสให้เผ่าผู้รุกรานได้เข้ามาเป็นส่วนหนึ่งของกาแลกซี "โครงการออสซัส" นี้ดำเนินการโดยคอล สกายวอล์คเกอร์ ซึ่งเป็นหนึ่งในสมาชิกชั้นผู้นำของสภาเจไดในตอนนั้น

หลังจากถูกยูซาน วองล้มล้างลง จักรวรรดิส่วนที่เหลือได้รวมตัวเพื่อก่อตั้งจักรวรรดิขึ้นใหม่ มีจักรพรรดิที่เป็นธรรมกว่าที่เคยมีมา คือจักรพรรดิองค์ที่สามแห่งราชวงศ์เฟล ขึ้นครองบัลลังก์

ความสำเร็จของโครงการออสซัสเป็นแรงบันดาลใจให้ดาวเคราะห์อื่นๆ ดำเนินการแปรรูปดาวตามแบบบ้าง ในระยะแรกโครงการส่วนใหญ่ประสบผลสำเร็จ แต่เมื่อเวลาผ่านไปผลข้างเคียงของกระบวนการที่ใช้ก็เริ่มแสดงออกให้เห็น สิ่งมีชีวิตจำนวนหนึ่งมีปุ่มกระดูกงอกออกมาเป็นที่เจ็บปวดทรมาน ชาวกาแลกซีแทบทั้งหมดโทษชาวยูซาน วองที่เกี่ยวข้องกับโครงการว่าเป็นต้นเหตุของผลร้ายนี้ ส่วนเหล่าเจไดสงสัยว่าจะมีการแทรกแซงจากผู้ไม่หวังดี จึงได้โน้มน้าวให้สหพันธ์กาแลกติกเข้ามาเป็นพันธมิตร อย่างไรก็ดี เหล่ามอฟฟ์แห่งจักรวรรดิได้สร้างสนธิสัญญาแอนแนกเซส และประกาศสงครามกับสหพันธ์กาแลกติก

ผู้ไม่หวังดีที่เข้าแทรกแซงกระบวนการเหล่านี้แท้จริงคือเหล่านิกายซิธใหม่ ซึ่งได้ซ่องสุมกำลังโดยลับอยู่บนคอร์ริบานมาแล้วกว่าหนึ่งร้อยปี ช่วงเวลาสองปีก่อนสงครามจักรวรรดิ-ซิธจะเริ่มต้นอย่างเต็มรูปแบบนั้น ผู้นำของเหล่าซิธคือดาร์ธ เครยท์ ได้แสดงตัวต่อกาแลกซี เข้าร่วมสงครามเป็นพันธมิตรกับจักรวรรดิ หลังจากสงครามดำเนินไปแล้วกว่าสามปี สหพันธ์กาแลกติกก็ต้องยอมจำนน แม้โดยทางการแล้วสหพันธ์จะถูกผนวกรวมเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิ และยังมีกองทัพสหพันธ์ส่วนที่เหลือสามารถหลบหนีไปได้ภายในการนำของนายพลการ์ สตาซี ส่วนเหล่าเจไดนั้นล่าถอยไปยังออสซัส โดยมีเหล่าซิธติดตามไปอย่างใกล้ชิด